다만, 추가모집 마지막 날까지 촉각을 다투는 상황에서 일시적인 이중등록 상태가 발생할 수 있고, 이런 경우에는 입학이 취소되지는 않는다.

이중등록이 발생하는 원인은 다양하지만 긴박하게 진행되는 충원 일정이 큰 비중을 차지한다. 2월 11일부터 충원 합격자가 발표되고 등록 여부에 따라 다음 차수의 충원이 이어진다. 이 때 충원 등록 기간이 상대적으로 짧다 보니, 이에 불안을 느끼는 수험생들이 충원으로 합격한 대학을 먼저 등록한 후, 이전에 합격한 대학의 등록 포기를 하는 경우가 종종 생기게 된다.
특히 충원 합격자 통보 마지막 날인 2월 18일은 당일 오후 9시까지 충원 전화를 돌릴 수 있다 보니 긴박하게 합격 안내가 이뤄진다. 대학에 따라 등록도 급하게 요청하기도 하면서 이중 등록의 상황에 놓이기 되는 사례가 있는 것이다.

이중 등록을 하게 되면 입학이 취소될 수 있지만, 이처럼 긴박하게 이루어지는 정시 충원에서 이중등록은 빈번하게 발생하게 되므로 불가피한 이중 등록은 처벌 대상이 아니다.

이중 등록을 판단하는 주체는 한국대학교육협의회(이하 대교협)로, 대교협은 대입지원방법 위반 사전예방시스템을 통해 이중 등록자를 걸러내고 있다. 간혹 의사 전달이 등록 또는 등록취소의 효력을 가지고 있다고 오해하는 경우가 있는데, 대교협이 판단하는 등록의 기준은 등록금 입금 여부이다.

등록을 취소할 때에는 단순히 의사 전달만으로 불가능하며, 등록금 환불을 받아야만 비로소 등록 취소가 인정된다. 만약 환불을 받지 않은 상태에서 다른 대학을 등록할 경우 이는 이중등록으로 간주된다.

우연철 진학사 입시전략연구소장은 "정시 충원기간에 발생하는 일시적인 이중등록은 사실상 처벌 대상은 아니지만 귀찮다는 이유로 등록 취소를 미루면서 다음 기회를 기다리는 수험생들에게 피해를 준다면 처벌이 불가피하니 주의해야 한다." 고 조언했다.